律师回答
不合法的。公司通过扣除职工部分工资的方式发放年终奖是属于克扣工资的行为，违反劳动法的规定。年终奖是“工资总额”中的一部分，但较为灵活，一般来说是否发放年终奖属于用人单位的管理自主权，用人单位可以决定是否发放及发放金额，除非另有约定或规定。
法律依据
《中华人民共和国劳动法》第五十条 工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。
律师回答
不合法的。公司通过扣除职工部分工资的方式发放年终奖是属于克扣工资的行为，违反劳动法的规定。年终奖是“工资总额”中的一部分，但较为灵活，一般来说是否发放年终奖属于用人单位的管理自主权，用人单位可以决定是否发放及发放金额，除非另有约定或规定。
法律依据
《中华人民共和国劳动法》第五十条 工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。