责令停业整顿，降低资质等级由颁发资质证书的机关决定。
根据《中华人民共和国建筑法》第七十六条，本法规定的责令停业整顿、降低资质等级和吊销资质证书的行政处罚，由颁发资质证书的机关决定；
其他行政处罚，由建设行政主管部门或者有关部门依照法律和国务院规定的职权范围决定。依照本法规定被吊销资质证书的，由工商行政管理部门吊销其营业执照。
【相关延伸】
问：责令停产停业属于行政处罚吗？
答：责令停产属于行政处罚。法律依据：《中华人民共和国行政处罚法》第八条　行政处罚的种类：（一）警告；（二）罚款；（三）没收违法所得、没收非法财物；（四）责令停产停业；（五）暂扣或者吊销许可证、暂扣或者吊销执照；（六）行政拘留；（七）法律、行政法规规定的其他行政处罚。

法律依据

《中华人民共和国建筑法》第七十六条