双方当事人达成刑事和解，被告人会按以下进行处理：

1、公安机关可以撤案

不过，只对于自诉刑事案件可以撤案处理，并且是在自诉人宣告判决前撤回自诉。对于自诉案件以外的公诉案件，立案后是不允许撤诉的。

2、检察机关可以不起诉

对于侮辱诽谤罪，暴力干涉婚姻自由罪、虐待罪和侵占四种自诉案件，如果被害人及其他有告诉权的人不提出告诉，或者提出告诉后又撤回告诉的，人民检察院即会作不起诉处理。

3、法院应当对被告人从轻处罚

注意，这里是法院“应当”从轻处罚，即判决时要适用较轻种类或者较小幅度的处罚，而不是“可以”。

最后，犯罪分子符合适用条件的，还将按以下处理：

1、适用非监禁刑，即缓刑;

2、可以减轻处罚;

3、可以免除刑事处罚。

所以，根据以上，达成刑事和解后，对犯罪分子会被宽大处理，所以如果有条件的话，可以尽量跟受害人和解，签订刑事和解协议。

法律依据

《中华人民共和国刑事诉讼法》第二百八十九条、第二百九十条