1、小产权房无法办理房产证、产权证。没有国家颁发的土地使用证和预售许可证，当然购房合同也不可能在房管局备案。所以你就不可能拿到一个合法合规，有效的房产证。这是小产权房最大最严重的问题。
2、小产权房无法进行银行贷款和抵押贷款。购买小产权房没有房产证，没有经过备案，就不能去银行做贷款，只能一次交清房款；同样未来也不能拿这个房子去银行做抵押。
3、拆迁补偿难，质量没保证。因不是房屋合法所有人，无法对抗国家的征地和拆迁，购房者将来遇到拆迁，将得到补偿，你的孩子就不能成为拆二代。且小产权房屋违反国家政策被强拆后，购房人很可能面临既无法取得房屋，又不能索回房款的艰难局面。
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法律依据

《土地管理法》第六十二条，农村村民一户只能拥有一处宅基地，其宅基地的面积不得超过省、自治区、直辖市规定的标准。

人均土地少、不能保障一户拥有一处宅基地的地区，县级人民政府在充分尊重农村村民意愿的基础上，可以采取措施，按照省、自治区、直辖市规定的标准保障农村村民实现户有所居。

农村村民建住宅，应当符合乡(镇)土地利用总体规划、村庄规划，不得占用永久基本农田，并尽量使用原有的宅基地和村内空闲地。编制乡(镇)土地利用总体规划、村庄规划应当统筹并合理安排宅基地用地，改善农村村民居住环境和条件。

农村村民住宅用地，由乡(镇)人民政府审核批准;其中，涉及占用农用地的，依照本法第四十四条的规定办理审批手续。

农村村民出卖、出租、赠与住宅后，再申请宅基地的，不予批准。

国家允许进城落户的农村村民依法自愿有偿退出宅基地，鼓励农村集体经济组织及其成员盘活利用闲置宅基地和闲置住宅。

国务院农业农村主管部门负责全国农村宅基地改革和管理有关工作。