一、概念不同
1、增值税发票：增值税专用发票是由国家税务总局监制设计印制的，只限于增值税一般纳税人领购使用的。
2、普通机打发票：指在购销商品、提供或接受服务以及从事其他经营活动中，所开具和收取的收付款凭证。
二、用处不同
1、增值税发票：具有商事凭证的作用，由于实行凭发票注明税款扣税，购货方要向销货方支付增值税。它具有完税凭证的作用。更重要的是，增值税专用发票将一个产品的最初生产到最终的消费之间各环节联系起来，保持了税赋的完整，体现了增值税的作用。
2、普通机打发票：任何单位和个人在购销商品、提供或接受服务以及从事其他经营活动中，除增值税一般纳税人开具和收取的增值税专用发票之外，所开具和收取的各种收付款凭证均为普通发票。
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法律依据

《中华人民共和国发票管理办法》第二十五条，除国务院税务主管部门规定的特殊情形外，发票限于领购单位和个人在本省、自治区、直辖市内开具。

省、自治区、直辖市税务机关可以规定跨市、县开具发票的办法。