软件著作权侵权行为，可以通过协商、调解、仲裁、诉讼等方式处理。
调解是指发生纠纷时，在调解组织的主持下当事人达成和解协议的纠纷解决方式。仲裁是指仲裁机构依照一定的仲裁程序对当事人的纠纷进行裁决的纠纷解决方式。
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法律依据

《中华人民共和国著作权法》第五十五条，主管著作权的部门对涉嫌侵犯著作权和与著作权有关的权利的行为进行查处时，可以询问有关当事人，调查与涉嫌违法行为有关的情况；对当事人涉嫌违法行为的场所和物品实施现场检查；查阅、复制与涉嫌违法行为有关的合同、发票、账簿以及其他有关资料；对于涉嫌违法行为的场所和物品，可以查封或者扣押。

主管著作权的部门依法行使前款规定的职权时，当事人应当予以协助、配合，不得拒绝、阻挠。