拆迁协议原件丢失，是可以补办房产证的。补办后再去办房产证即可。拆迁补偿协议书一般都有两份，拆迁部门那里有存档，可以复印一份，请拆迁部门加盖其公章同样具有合法效力。
根据《房屋登记办法》第二十二条规定，有下列情形之一的，房屋登记机构应当不予登记：
（一）未依法取得规划许可、施工许可或者未按照规划许可的面积等内容建造的建筑申请登记的；
（二）申请人不能提供合法、有效的权利来源证明文件或者申请登记的房屋权利与权利来源证明文件不一致的；
（三）申请登记事项与房屋登记簿记载冲突的；
（四）申请登记房屋不能特定或者不具有独立利用价值的；
（五）房屋已被依法征收、没收，原权利人申请登记的；
（六）房屋被依法查封期间，权利人申请登记的；
（七）法律、法规和本办法规定的其他不予登记的情形。
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法律依据

《房屋登记办法》第二十二条，有下列情形之一的，房屋登记机构应当不予登记：

（一）未依法取得规划许可、施工许可或者未按照规划许可的面积等内容建造的建筑申请登记的；

（二）申请人不能提供合法、有效的权利来源证明文件或者申请登记的房屋权利与权利来源证明文件不一致的；

（三）申请登记事项与房屋登记簿记载冲突的；

（四）申请登记房屋不能特定或者不具有独立利用价值的；

（五）房屋已被依法征收、没收，原权利人申请登记的；

（六）房屋被依法查封期间，权利人申请登记的；

（七）法律、法规和本办法规定的其他不予登记的情形。