公司制度规定旷工扣三倍工资是不合法的，相关法律有明确的规定，在伤害人身健康以及利益的情况下签署的合同无效，而且劳动法中也有规定，用人单位扣除员工工资最高只是当日工资的百分之七十，或月终奖金的百分之三十。
旷工是指员工请假没有获得批准或没有履行请假手续而未到岗上班的行为。对于旷工员工的处理方式，除了一般的行政处分与解除劳动合同之外，还有一些单位会采用扣工资的方式，劳动法没有旷工一天扣多少工资的规定，按现行做法，旷工当天，用人单位可以不支付工资，除了给用人单位造成了经济损失外，不得额外扣工资的。而扣除三倍工资显然已经超过了相关法律规定的合理范围，所以单位规章制度中的这种规定是不合法的。这种规定也是无效的，劳动者不必执行。旷工有四种方式可以选择：一是行政处分，直至解除劳动合同。对于有旷工行为的职工，用人单位根据旷工的天数可以规定不同处分层级，比如警告、严重警告，直至解除劳动合同;二是赔偿损失。如果因为劳动者旷工使用人单位遭受经济损失的，用人单位可以向其主张损失赔偿。三是扣减绩效考核分数。四是扣减奖金。在法律上，奖金支付属于企业自主权范畴，用人单位在制定奖金发放政策时，完全可以规定：旷工一天，免除当月全部奖金。
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法律依据

《中华人民共和国劳动法》第五十条，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。

《中华人民共和国劳动合同法》第四十六条，有下列情形之一的，用人单位应当向劳动者支付经济补偿：

(一)劳动者依照本法第三十八条规定解除劳动合同的；

(二)用人单位依照本法第三十六条规定向劳动者提出解除劳动合同并与劳动者协商一致解除劳动合同的；

(三)用人单位依照本法第四十条规定解除劳动合同的；

(四)用人单位依照本法第四十一条第一款规定解除劳动合同的；

(五)除用人单位维持或者提高劳动合同约定条件续订劳动合同，劳动者不同意续订的情形外，依照本法第四十四条第一项规定终止固定期限劳动合同的；

(六)依照本法第四十四条第四项、第五项规定终止劳动合同的；

(七)法律、行政法规规定的其他情形。