报销的。医保报销，医疗总费用，减掉医院起付标准，剪掉自费药品跟自费检查，剩下的数字乘以报销百分比。核磁共振检查在医保范围之内。报销比例和你的报销类型有关，一般是70%。
报销范围：药费：辅助检查：心脑电图、X光透视、拍片、化验、理疗、针灸、CT、核磁共振等各项检查费限额200元；手术费（参照国家标准，超过1000元的按1000元报销）。60周岁以上老人在卫生院住院，治疗费和护理费每天补偿10元，限额200元。
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法律依据

《中华人民共和国社会保险法》

第二十八条 符合基本医疗保险药品目录、诊疗项目、医疗服务设施标准以及急诊、抢救的医疗费用，按照国家规定从基本医疗保险基金中支付。