两者主要区别在于审查内容：
形式审查强调申请文件的合法性，查看填报是否真实、严谨、清晰并符合国家规定；
而实质审查则着重于根据申请日期的顺序，通过对比、分析和筛选来检验商标注册的合法性。
《商标法》第28条，对申请注册的商标，商标局应当自收到商标注册申请文件之日起九个月内审查完毕，符合本法有关规定的，予以初步审定公告。

《商标法》第29条，在审查过程中，商标局认为商标注册申请内容需要说明或者修正的，可以要求申请人做出说明或者修正。申请人未做出说明或者修正的，不影响商标局做出审查决定。