明成祖朱棣在朱元璋去世后从北平发动“靖难之役”，攻占京师，夺取帝位，初时仍定都南京。

1421年2月2日，明朝正式迁国都于北京，并改北京为京师，同时复原南京的名号。

明成祖迁都北京后，仍然保留了南京的都城地位，并保留了一套中央机构。南京和京师一样，设六部、都察院、通政司、五军都督府、翰林院、国子监等机构，官员的级别也和京师相同。北京所在府为顺天府，南京所在府为应天府，合称二京府。