10月18日，上海软科发布了2016年中国两岸四地大学排名，清华大学(北京)蝉联两岸四地第一名，北京大学跃升至第二名，排名第三的是中国台湾的清华大学(新竹)，中国科学技术大学位列第四，香港大学和香港中文大学并列第五名。澳门地区排名最高的澳门科技大学名列两岸四地第32名。

2016年软科中国两岸四地大学排名十强

2016年排名       2015排名     中文校名                      地区 
         1                      1              清华大学（北京）       大陆   
         2                      4              北京大学                    大陆
         3                      2              清华大学（新竹）       中国台湾
         4                      8              中国科学技术大学       大陆
         5                      6              香港大学                     香港
         5                      5              香港中文大学              香港
         7                      3              中国台湾大学                     中国台湾 
         8                      13           香港城市大学               香港
         9                      9             浙江大学                     大陆
        10                    12           上海交通大学               大陆
        10                    7             香港科技大学               香港

这是该排名自2011年问世以来第六次发布，排名展示了我国大陆、中国台湾地区、香港特别行政区和澳门特别行政区领先的100所研究型大学。

与2015年中国两岸四地大学排名相比，北京师范大学、东南大学 、兰州大学、湖南大学、北京邮电大学、苏州大学 、上海财经大学、西安电子科技大学和中国地质大学(武汉)今年均有超过10个位次的排名提升。内地还有三所大学新入榜单：江南大学首次入围，位列第78名;武汉理工大学、北京林业大学重登百强，分别位列第91名和第93名。