一般情况下，公司章程修改后的效力，存在以下两种情况：
1、公司章程修改未涉及登记事项的，不会影响公司章程的效力。
公司章程修改未涉及登记事项的，公司应当将修改后的公司章程或者公司章程修正案送原公司登记机关备案。由此可见，这种情况下，法律只要求将修改的公司章程重新进行备案登记，但是否备案登记，并不影响公司章程的效力，即使没有及时重新备案登记的，公司章程依然有效。
2、因公司章程修改牵涉到公司登记事项，未经变更登记的，效力受限。
涉及公司名称、住所、法人代表、经营范围、增资减资等修改变更的，公司应当按照条例规定的程序，及时申请办理变更登记。未经登记者，公司不得以其事项变更对抗善意第三人。因此，因公司章程修改牵涉到公司登记事项，导致公司登记事项变更时，没有进行变更登记的，只对公司内部有效。而公司章程的对外效力，则应以已登记的原公司章程为准。

风险提示：修改公司章程后，为了避免登记管理机关存留的公司章程与修改后公司章程的不一致，而出现效力纠纷，应当将修改后的公司章程或者公司章程修正案送原登记机关备案。要是已经因此出现公司章程效力纠纷的，建议尽早委托专业律师协助处理。

法律依据

《公司法》第三十二条

《公司登记管理条例》第三十六条