1.原则上，有证的，是合法建筑；无证的，属违章建筑；
2.合法建筑，按规定全额补偿；
3.违章建筑，要看当地的政策规定，给予不同程度的补偿，如规定哪一年以前的，可以给予70%、50%、30%等不同的补偿。有的违章建筑，可能一分钱也不补偿。

没证房屋的补偿标准主要取决于其建设情况。
2008年1月1日《中华人民共和国城乡规划法》实施，该法明确规定了：
（1）国有土地上建设规划许可：在城市、镇规划区内以划拨方式提供国有土地使用权的建设项目，经有关部门批准、核准、备案后，建设单位应当向城市、县人民政府城乡规划主管部门提出建设用地规划许可申请，由城市、县人民政府城乡规划主管部门依据控制性详细规划核定建设用地的位置、面积、允许建设的范围，核发建设用地规划许可证。
（2）乡镇、村庄集体土地建设规划许可：在乡、村庄规划区内进行乡镇企业、乡村公共设施和公益事业建设的，建设单位或者个人应当向乡、镇人民政府提出申请，由乡、镇人民政府报城市、县人民政府城乡规划主管部门核发乡村建设规划许可证。
理论上在2008年以后国有土地上、乡村集体土地上建设房屋都需要取得建设规划许可证。
因此，2008年1月1日被视为一条分水岭，结合具体的房屋建设年份及房屋当地城乡规划管理措施等其他因素如房屋建设是在2008年之前形成，则征收部门很大可能会视为有证房屋按补偿安置方案补偿，但这也并不是说所有2008年之前建成的无证房屋就是合法的建筑物，需具体情况具体对待。

法律依据

《中华人民共和国城乡规划法》

第三十七条 在城市、镇规划区内以划拨方式提供国有土地使用权的建设项目，经有关部门批准、核准、备案后，建设单位应当向城市、县人民政府城乡规划主管部门提出建设用地规划许可申请，由城市、县人民政府城乡规划主管部门依据控制性详细规划核定建设用地的位置、面积、允许建设的范围，核发建设用地规划许可证。

第四十一条 在乡、村庄规划区内进行乡镇企业、乡村公共设施和公益事业建设的，建设单位或者个人应当向乡、镇人民政府提出申请，由乡、镇人民政府报城市、县人民政府城乡规划主管部门核发乡村建设规划许可证。在乡、村庄规划区内使用原有宅基地进行农村村民住宅建设的规划管理办法，由省、自治区、直辖市制定。在乡、村庄规划区内进行乡镇企业、乡村公共设施和公益事业建设以及农村村民住宅建设，不得占用农用地；确需占用农用地的，应当依照《中华人民共和国土地管理法》有关规定办理农用地转用审批手续后，由城市、县人民政府城乡规划主管部门核发乡村建设规划许可证。建设单位或者个人在取得乡村建设规划许可证后，方可办理用地审批手续。