有担保的债权在企业破产时的处理是：抵押权已登记的按照登记的先后顺序清偿，顺序相同的按照债权比例清偿，抵押权已登记的先于未登记的受偿，抵押权未登记的按照债权比例清偿。
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法律依据

《中华人民共和国企业破产法》第六十一条

债权人会议行使下列职权：

（一）核查债权；

（二）申请人民法院更换管理人，审查管理人的费用和报酬；

（三）监督管理人；

（四）选任和更换债权人委员会成员；

（五）决定继续或者停止债务人的营业；

（六）通过重整计划；

（七）通过和解协议；

（八）通过债务人财产的管理方案；

（九）通过破产财产的变价方案；

（十）通过破产财产的分配方案；

（十一）人民法院认为应当由债权人会议行使的其他职权。

债权人会议应当对所议事项的决议作成会议记录。