离婚协议生效后，女方发现已怀身孕。首先，从法律层面分析，双方在完成离婚手续后，该协议即正式成立。若选择生育孩子，男女双方需承担起抚养责任，男方需依法支付抚养费用至子女成年18岁。对于生育手续，女方应尽快办理并获得相应证明档，包括准生证。此外，为了确保孩子权益，建议双方对子女抚养和教育达成进一步共识，可签订补充协议明确相关责任与义务。若无法达成一致，将面临司法程序解决子女抚养及费用分配等问题。总而言之，此种状况下，双方都应该以理智态度处理问题，维护儿童合法权益。

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