医疗事故主要由卫生行政部门负责处理。具体而言，县级以上地方人民政府卫生行政部门负责本行政区域内医疗机构的监督管理工作。
如果发生医疗事故争议，患者一方可以向医疗机构所在地的卫生行政部门提出处理申请。卫生行政部门会对医疗事故进行调查、核实，组织医疗事故技术鉴定，并依据鉴定结果对医疗机构及其医务人员进行相应的处理。
同时，患者也可以直接向人民法院提起诉讼，通过司法途径解决医疗事故纠纷。在司法程序中，法院会依据相关法律法规和证据来判定责任和赔偿等问题。

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