申请程序如下：
1.申请人须保证自身诚实守信，表述购买房产状况真实且符合法律法规，并确认房产是在重庆市主城区内首套和享受各类税收优惠政策。
2.提供购房所在地房屋交易中心证明文件，如购房合同、首付款发票等。
3.根据购房合同和首付款发票，向公司财务部索取个人所得税缴纳凭证，并妥善保存原始凭证及副本，以便办理房产证备案登记。
4.提供身份证复印件，以备核实。
5.提供房产证复印件。
6.提供与银行签署的购房按揭合同，以备核实。
7.提供按揭银行的按揭本金利息支付证明。
8.满足以上要求后，提供银行账户信息，以便财政资金划转。法律依据：
《中华人民共和国个人所得税法》第十三条
纳税人取得应税所得没有扣缴义务人的，应当在取得所得的次月十五日内向税务机关报送纳税申报表，并缴纳税款。
纳税人取得应税所得，扣缴义务人未扣缴税款的，纳税人应当在取得所得的次年六月三十日前，缴纳税款；税务机关通知限期缴纳的，纳税人应当按照期限缴纳税款。
居民个人从中国境外取得所得的，应当在取得所得的次年三月一日至六月三十日内申报纳税。
非居民个人在中国境内从两处以上取得工资、薪金所得的，应当在取得所得的次月十五日内申报纳税。
纳税人因移居境外注销中国户籍的，应当在注销中国户籍前办理税款清算。