土地征收协议的签订主体要视具体情况而定。通常情况下，村民应与市、县级人民政府或其授权的土地行政主管部门签订土地征收协议。
依据我国相关法律规定，市、县级人民政府负责本行政区域内的土地征收工作，是法定的征收主体。但在实践中，可能会存在政府委托乡镇政府或其他部门与村民签订协议的情况。需要注意的是，无论与谁签订，都应确保协议内容符合法律法规，保障村民的合法权益，包括但不限于合理的补偿标准、安置方式等。如果对签订主体有疑问或协议内容存疑，村民有权要求相关部门给出明确解释和合法依据。

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