公司扣除员工薪资之合法性须根据实际情形判断。
原则上讲，未经法律许可及明确步骤，擅自扣减属违反相关法规。
如员工由于个人过失所致公司财务受损，依法可按劳动合约之约定要求其进行赔偿，但每月扣除金额不得超出员工当月薪资的20%，同时扣除后支付薪资不应低于该地区最低薪酬水平。
另一方面，若公司以罚款等方式任意克扣员工薪资，无疑构成违法行为。
员工有权要求公司全额支付劳动报酬。
若双方因此发生争议，员工可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁以保护自身合法权益。

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