公司是否有权扣除员工补贴，需依事实结果判定。
常见情况下，企业如在劳动合约或规章制度中有明确约束补贴如何发放以及发放标准的规定，并且没有正当理由扣留补贴，即视为违法行为。
如员工完全符合规定要求，企业擅自削减补贴，将被视为违反合同条款及诚信规则。
反之，如员工因违规公司已公布并顺从的规章制度，导致无法申请补贴，此时企业扣除补贴则有可能不构成违法，如员工涉及严重失职、未达标等情况。
劝您先确定合同和公司制度对补贴的详细规定，搜集相关证据。
若觉得自身权益受挫，可尝试与公司沟通，若协商无果，可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。

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