公司依据费率扣除员工迟到工资行为是否合法，取决于具体情形。
依据法律，公司有权确立实际可行的劳动纪律制度，对员工的工作状态实施监管。
倘若公司规章制详尽规定了迟到扣薪标准，且经通过民主程序立法、公开表示给劳动者，则在一定程度的迟到工资扣除并不违反法律。
然而，若扣款致使员工实际收入低于当地最低收入水平，或者公司定立的扣款细则过为严格、缺乏合理性，未按照法定程序执行，便有可能触犯法律。
建议您查阅公司与您签署的劳动合同及公司内部规章制度，以确认其合法性。
如您认为公司扣款行为违法，可以与公司协商解决，或向劳动监察部门投诉、申请劳动仲裁。

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